Afrikkalaisten bakteerikanta johtuu heidän ruokavalionsa koostumuksesta, jossa on pääasiassa paljon kuitua ja tärkkelystä (kasvikset). Heimokansojen ruokavalio Etelä-Amerikkalaisilla sisältää niukasti lihaa ja runsaasti jalostettuja maissituotteita. Perinteisessä Eurooppalaisessa ruokavaliossa ovat yleisiä jauhoista valmistetut ruuat, sekä liha ja kala. Pohjois-Amerikan ruokavaliossa on sen sijaan vähän kuituja, mutta runsaasti eläin peräisiä rasvoja. Lisäksi ruokavalio sisältää runsaasti sokereita (kakkujen ja makeisten) kulutuksen myötä. Tätä kutsutaan myös perinteiseksi länsimaalaiseksi ruokavalioksi. Aasialainen ruokavalio sisältää runsaasti riisiä, kasveja ja lihaa. Länsimaalainen ruokakulttuuri on saanut runsaasti jalansijaa erityisesti suurissa kaupungeissa. Ruokavalio ja kulttuuri määrää mikrobiomin koostumuksen ja tasapainon.
Mikrobiomilla on vaikutusta monien sairauksien kehittymiselle. Näitä ovat mm. ateroskleroosi, eli valtimokovettuma tauti, Crohnin tauti, haavainen paksusuolentulehdus, ja tyypin 2 diabetes. Heikko ja köyhä mikrobisto suolessa, johtaa vahvoihin suosituksiin, jotka alkavat kääntämään ja edistämään suoliston hyvinvointia.