Isyystestejä voidaan suorittaa jo ennen lapsen syntymää tai syntymän jälkeen. Ennen syntymää testi voidaan suorittaa ei-invasiivisesti tai invasiivisesti. Perinteinen, invasiivinen menetelmä tarkoittaa menetelmää jossa lapsivedestä tai istukasta otetaan DNA-näyte isyystestiä varten. Tämän riskialttiin menetelmän sijaan voidaan käyttää äidin verinäytettä ja siitä voidaan eristää sikiöperäistä DNA:ta testattavaksi.

Useimmin isyystestit tehdään lapsen syntymän jälkeen, jolloin testi suoritetaan ottamalla posken sisäpuolelta pumpulitikulla näyte, joka lähetetään laboratorion analysoitavaksi. Tämä on helppo ja yksinkertainen yleinen menetelmä DNA-testeissä.